Penso che le sacche floscie siano una delle migliori scelte dato che ti permettono di usare lo spazio in maniera dinamica e sono piu' facili da gestire per eventuali contaminazioni (non gira aria dentro dove possono crearsi problemi).
Tieni 2 serbatoi separati (meglio 3)
Uno con acqua potabile di provenineza certa con un rubinetto separato usata solo da bere e cucinare, uno di acqua di provenineza incerta (attinta a pozzi o da acquedoti su cui si possono avere dubbi).
Il terzo puo' essere utile per acqua da trattare sicurmaente.
Cerca di non mischiare le cose
In questo modo puoi salvarti il discorso di filtrazione. Ti porti solo dietro quattro pastiglie giusto di sicurezza per i serbatoi "incerti".
Analogo discorso per chi viaggia con taniche, marcate le taniche di acqua buona e non contaminatele mai!

Se progetti pero' un camper con cui stare via mesi senza la possibilita' di rifornimenti sicuri sicuramente ti convine esplorare il discorso filtrazione.

Un sistema sicuro al 100% e molto semplice (a parte il consumo energetico e il tempo) e' uello basato su distilazione (non so se esistono modelli "portatili".
Esistano sistemi di filtraggio a osmosi combinati con raggi UV che garantiscono acqua 100% sicura (la parte UV per batteriologico). Il probelma puo' essere se si usa il camper una volta all'anno bisogna vedere che fare per i filtri se vanno puliti o sostituiti o se bisogna fare qualche specifica operazione per estesi periodi di inutilizzo.
Soluzioni piu' economiche sono i filtri ceramici (che normalmente pero' sono piuttosto lenti nella filtrazione) e sistemi portatili a pompa con filtri carbone + sali di argento (ottimi per chi viaggia in moto o con veicoli leggeri.